Il secondo che è un pronome relativo esattamente come il precedente, e si riferisce a cartellina; può essere omesso. Ogni qual volta vi sono due pronomi relativi a breve distanza e riferiti al medesimo referente il secondo che può essere sottinteso. Le due alternative, con il secondo che espresso oppure sottinteso, sono identiche, senza alcuna differenza di registro.
Un trucchetto ingenuo ma utile per riconoscere la differenza tra che pronome e che congiunzione è provare a sostituire che con il quale: se la sostituzione funziona (cioè se dà luogo a una frase di senso compiuto), che è pronome; se non funziona, che è congiunzione.
"... Si trova in una cartellina la quale lascerò in ufficio", ancorché faticosa (nessuno userebbe la quale con valore di oggetto, in questo caso), funziona e si comprende. Se fosse: "penso che la lascerò in ufficio", la sostituzione "penso la quale lascerò in ufficio" non funziona, e infatti in quest'ultimo caso il che ha valore di congiunzione (o complementatore) completiva, cioè che introduce una subordinata oggettiva.

Fabio Rossi