Nelle sue frasi l'unica proposizione incidentale è quella inserita nella prima frase, perché contiene un verbo (anzi, in questo caso coincide con un verbo). Come detto da lei, l'unica forma possibile per il verbo della propsizione reggente è ha realizzato, perché è chiaro che la proposizione credo è sintatticamente autonoma (ha come soggetto io), sebbene si possa considerare subordinata a Marco ha realizzato...
Nella seconda e nella terza frase i sintagmi (non proposizioni) incidentali modificano il soggetto dell'unica proposizione presente nella frase, perché trasformano Marco in Marco e i suoi amici e in Marco nonché i suoi amici (assimiliabile a Marco e i suoi amici). Con questi soggetti il verbo richiesto è alla terza plurale,
quindi Marco, e con lui tutti i suoi amici, sono andati... e Marco, nonché i suoi amici, sono andati... 
Al contrario, l'accordo sarebbe al singolare in una frase come Marco, con i suoi amici, è andato..., perché con i suoi amici non rientrerebbe nel sintagma del soggetto.
La prova dell'accordo corretto si ottiene spostando l'inciso (anche costituito da una proposizione) dopo il verbo: 
1) Marco ha realizzato un buon lavoro, credo.
2) Marco è andato al mare, e con lui tutti i tuoi amici.
3) Marco è andato al mare, nonché i suoi amici.
Come si può vedere, nella prima frase la sintassi non ha sbavature; nella seconda il sintagma finale si giustifica soltanto ipotizzando un verbo sottinteso, ovvero trasformando il sintagma in una proposizione, a dimostrazione che tutti i suoi amici è soggetto: "Marco è andato al mare, e con lui sono andati tutti i tuoi amici".
Nella terza, infine, il sintagma finale non si può proprio giustificare, quindi si deve per forza associare al soggetto Marco.
L'eliminazione delle virgole nell'ultima frase non cambierebbe niente nell'accordo con il verbo. Va detto, però, che la congiunzione nonché richiede preferibilmente la virgola; ma se inseriamo la virgola prima di nonché siamo giocoforza indotti a inserire anche la seconda, per non trovarci con uno strano soggetto diviso in due dalla virgola e da una congiunzione. La stranezza salta meglio agli occhi se sostituiamo nonché con eMarco, e tutti i suoi amici sono andati...
Ne consegue che o scriviamo Marco nonché tutti i suoi amici sono andati... (variante sconsigliata perché nonché preferisce la virgola), oppure Marco, nonché tutti i suoi amici, sono andati... Difficile da giustificare, invece, Marco, nonché i suoi amici sono andati al mare.
Fabio Ruggiano