Innanzitutto le consiglio di consultare la sezione Lo sapevate che? del sito di DICO (http://www.dico.unime.it/category/lo-sapevate-che/), che contiene diversi interventi sull'uso della punteggiatura.
Le sue domande non possono essere risolte in poche parole, perché la punteggiatura è legata a ragioni diverse, grammaticali, testuali, convenzionali, stilistiche. Come conseguenza, i casi di uso obbligato sono pochissimi, e quasi ogni scelta produce un cambiamento di significato della frase. 
Per quanto riguarda la virgola prima della e, essa è fortemente richiesta quando i due pezzi di frase uniti dalla congiunzione non sono sullo stesso piano; quasi sempre, però, è proprio la virgola che permette di stabilire se i due pezzi sono o non sono sullo stesso piano: il suo inserimento, pertanto, è una scelta dello scrivente legata al significato che vuole dare alla frase, non un obbligo. Mettiamo a confronto le seguenti frasi: "Ho comprato le mele e sono tornato a casa" / "Ho comprato le mele, e sono tornato a casa". Sono entrambe corrette, ma la virgola produce un cambiamento di significato: nella prima frase le due azioni sono sullo stesso piano, come se l'emittente dicesse 'ho fatto l'azione 1 e l'azione 2', senza gerarchizzazione tra le due; nella seconda frase la seconda azione è rappresentata come separata dalla prima, come se l'emittente dicesse 'ho fatto l'azione 1, dopodiché ho fatto l'azione 2'. In una frase isolata come quella usata qui la differenza può sembrare trascurabile, ma se inseriamo la frase in un testo si noterà l'importanza del dettaglio:
"- Che cosa hai fatto ieri?
- Ho comprato le mele e sono tornato a casa (= 'ho fatto due cose')".
"- Che cosa hai fatto ieri?
- Ho comprato le mele, e sono tornato a casa (= 'ho fatto una cosa sola e poi sono tornato a casa')".
La differenza è talmente importante che la prima risposta potrebbe essere addirittura considerata incoerente con la domanda. Se qualcuno mi chiede che cosa ho fatto, infatti, di certo non elencherò tra le cose fatte anche il tornare a casa; al contrario, se il tornare a casa serve a concludere l'elenco (come se dicessi e non ho fatto altro), allora ha senso che io lo inserisca nella risposta. 
La stessa spiegazione data per la e vale per la o.
Con se la virgola rapprenta la condizione e la conseguenza come in qualche modo autonome l'una dall'altra. Prendiamo una frase come esempio: "Vieni se vuoi" / "Vieni, se vuoi". La prima frase mette tutto il peso informativo sulla condizione della volontà del ricevente, quindi subordina fortemente l'informazione relativa all'evento del venire a quella relativa alla volontà; nella seconda le due informazioni sono autonome, come se si dicesse 'Vieni. Sempre che tu voglia'. Come si vede da quest'ultima parafrasi, non è escluso neanche il punto fermo tra la proposizione reggente e la condizionale, per sottolineare ulteriormente la separazione tra le due informazioni.
Quanto detto per la proposizione condizionale vale anche per le proposizioni con il gerundio.
Per la virgola (o il punto e virgola) con quindiperciòinfattituttavia ecc. rimando a http://www.dico.unime.it/2015/02/28/prima-di-infatti-e-tuttavia-andrebbe-messo-almeno-un-punto-e-virgola-e-non-una-semplice-virgola/. Ovvero e vale a dire come segnali discorsivi si comportano come le parole elencate in precedenza (quindiperciò...), tranne per il fatto che possono apparire soltanto all'inizio della proposizione o della frase, e non in inciso (ovvero tra due virgole, trattini o parentesi).
Fabio Ruggiano