Il perché Mario... non è corretto, perché in questo caso perché è una congiunzione (secondo alcuni un avverbio) nel pieno delle sue funzioni e non c'è ragione di sostantivarlo. La forma corretta è, pertanto, non capisco perché Mario... Si può, però, costruire la frase così: "Non capisco il perché della mancata risposta di Mario". In questo caso, come si vede, il perché non è una congiunzione (o un avverbio), ma è un nome, equivalente a motivo, infatti non capisco il perché della mancata risposta = non capisco il motivo della mancata risposta
I verbi di volontà, opportunità, obbligo al condizionale reggono preferibilmente il congiuntivo imperfetto nella proposizione completiva per esprimere la contemporaneità nel presente. Questo vale anche quando non sono preceduti da non, quindi vorrei che tu fossi e non vorrei che tu fossi.
Fabio Ruggiano