Entrambe le frasi sono corrette, ma hanno due significati diversi. Il congiuntivo imperfetto √® uno dei tempi che esprimono l'anteriorit√† dell'evento rispetto a un altro evento presente; nella prima frase, quindi, i parlanti vorrebbero sapere se qualcuno precedentemente avesse intenzione di... Il condizionale presente, invece, esprime contemporaneit√† rispetto al presente, quindi nella frase i parlanti vorrebbero sapere se qualcuno nel momento stesso ha intenzione di... 
Un modo per far risaltare il diverso rapporto temporale tra la subordinata e la reggente nelle due frasi è sostituire il congiuntivo nella prima e il condizionale nella seconda con l'indicativo, che non modifica sostanzialmente il significato delle frasi e mantiene, appunto, lo stesso rapporto temporale:
"Essi vorrebbero sapere se aveva intenzione di..."
"Essi vorrebbero sapere se ha intenzione di...".
Fabio Ruggiano