Per quanto riguarda la virgola, nella prima frase non è richiesta, visto che tutto il complesso Le contraddizioni interne, l'incapacità di raggiungere onorevoli compromessi con gli alleati di governo e con i loro sostenitori più intransigenti rappresenta il soggetto di avevano generato ed è buona norma non separare il soggetto dal predicato se non ci sono incisi in mezzo. Aggiungo che essendo il complesso formato da due membri, le contraddizioni interne e l'incapacità, è preferibile usare la congiunzione e (o una locuzione congiuntiva più complessa) per unirli, non la virgola; quindi Le contraddizioni interne e / nonché / come anche l'incapacità di raggiungere onorevoli compromessi con gli alleati di governo e con i loro sostenitori più intransigenti avevano generato. La virgola si usa per separare membri di un elenco quando questi sono almeno tre.
La seconda frase presenta lo stesso problema della prima, quindi la virgola non è necessaria neanche in questo caso. È, però, necessaria in altri punti del brano:
 
Sinistra Ecologia Libertà (SEL); Rifondazione Comunista; il Partito Comunista d'Italia; Azione Civile; Sinistra Critica; il Partito Comunista dei Lavoratori; gli arancioni di Luigi De Magistris; "Possibile", il nuovo partito di Civati; i gruppi di Fassina "Futuro a Sinistra"; MDP (movimento democratico e progressista), di cui è coordinatore Roberto Speranza, e Campo Progressista di Pisapia costituiscono la zona paludosa creatasi a sinistra del Pd...

Nella terza frase sono corretti entrambi i tempi del congiuntivo; la scelta tra i due comporta una differenza di significato della frase. Il presente descrive il rimanere come attuale, l'imperfetto lo riporta al momento in cui abbiamo fatto. In altre parole, abbiamo fatto affinché rimanesse indica che l'impegno è stato mirato a far rimanere la scuola aperta in quel momento e non specifica (ma neanche lo esclude) se esso ha avuto effetti sul presente; abbiamo fatto affinché rimanga riguarda, invece, il presente, con una proiezione nel futuro.
Va anche detto, però, che il passato prossimo (abbiamo fatto) è un tempo sì passato, ma fortemente ancorato nel presente, per cui anche abbiamo fatto affinché rimanesse può essere interpretato come riguardante il presente. In considerazione di questo, la differenza semantica tra i due tempi del congiuntivo risulta molto sfumata in questa frase.
In sintesi, l'imperfetto risulta più ambiguo, perché si può interpretare come legato sia al passato sia al presente; il presente, invece, non provoca difficoltà interpretative. Ovviamente, se il rimanere è effettivamente situato nel passato, non nel presente, l'imperfetto è l'unica soluzione valida.
Fabio Ruggiano