Nell'ambito della consecutio temporum l'imperfetto indica la contemporaneità e il trapassato l'anteriorità rispetto al passato (quindi non a prescindere dal tempo della reggente). Per esempio: 
a. Penso (presente) che lui cerchi (presente = contemporaneità) Luca / abbia cercato (passato = anteriorità) Luca.
b. Pensavo (imperfetto) che lui cercasse (imperfetto = contemporaneità) Luca / avesse cercato (trapassato = anteriorità).
Si noti che il congiuntivo imperfetto può esprimere anche l'anteriorità rispetto al presente, per sottolineare la continuità dell'azione nel passato:
c. "Penso che lui cercasse Luca".
Inoltre, il trapassato può anche essere usato con una reggente al presente, ma presupponendo un evento intermedio al passato:
d. "Penso che lui avesse cercato Luca (prima che Luca chiamasse). Le consiglio una ricerca con la parola chiave prima che nell'archivio di DICO per un approfondimento sui tempi richiesti dalla congiunzione prima che.
La proposizione comparativa ipotetica richiede l'uso del congiuntivo non secondo la consecutio ma secondo il grado di ipoteticità, che spesso (ma non sempre) non coincide con la consecutio. Il grado di ipoteticità attribuisce all'imperfetto la funzione di esprimere la possibilità e al trapassato quella di esprimere l'improbabilità o l'impossibilità, per questo è possibile usare l'imperfetto per un evento contemporaneo nel presente (frase 1) e il trapassato in dipendenza dal presente senza la presupposizione di un evento passato intermedio (frase 3) e in dipendenza dal passato per esprimere un evento contemporaneo (frase 5). Sempre nella frase 5, mi sforzai... come se fossi è un caso di coincidenza tra uso secondo la consecutio e uso secondo il grado di ipoteticità.
Si noti ancora la differenza tra l'uso della consecutio e quello ipotetico:
"Mangia come se non ci fosse un domani" (uso ipotetico) / "Pensa che non ci fosse un domani" (uso secondo la consecutio). Nella seconda frase è evidente che l'imperfetto fosse si riferisce al passato come cercasse della frase c. 
"Mangia come se ieri avesse digiunato" / "Pensa che ieri avesse digiunato". Nella seconda frase è evidente che c'è un evento intermedio implicito tra avesse digiunato e pensa, che fa da momento di riferimento per il trapassato, come nella frase d.
Fabio Ruggiano