Quasi sempre, con le proposizioni oggettive (quale è quella introdotta da che nel suo esempio) la variante con l'indicativo e quella con il congiuntivo sono ugualmente corrette, ma quella con il congiuntivo è più formale, quindi più adatta allo scritto e al parlato sostenuto. Il verbo capire, in realtà, propende di norma per l'indicativo (come dire e sapere) ma bisogna valutare caso per caso: qui la costruzione interrogativa della reggente rende il congiuntivo pienamente accettabile, quindi anche in questo caso la variante al congiuntivo è più formale di quella all'indicativo (che è comunque più comune).
Può trovare molte altre risposte su questo argomento nell'archivio di DICO cercando la parola chiave diafasia.
Fabio Ruggiano