Super-ultra-extra-mega- e simili non sono suffissi, ma prefissi, perché si aggiungono sempre prima della parola (mentre i suffissi si aggiungono dopo). I prefissi e i suffissi, che raggruppiamo nell'unica categoria degli affissi, non possono essere usati da soli, perché non sono parole, ma solo parti di parole; non a caso, quando li scriviamo isolati li facciamo seguire o precedere da un trattino (super--o), a segnalare che manca una parte di parola. 
Alcuni affissi (detti affissoidi; categoria nella quale possiamo annoverare super- e gli altri dal significato simile) sono speciali, perché hanno un significato più complesso rispetto agli altri, come se fossero parole a tutti gli effetti. La scelta su come scrivere le parole che contengono questi affissoidi dipende da diverse considerazioni: se la parola è acclimata nella sua forma univerbata (extrafondentesupermercatoiperspazio...) non c'è motivo di scriverla diversamente; se, invece, non c'è una tendenza nell'uso comune, è consigliabile usare il trattino. La grafia separata è sicuramente possibile con alcuni affissoidi di questo gruppo, visto che si possono usare anche come aggettivi: una spesa extraun vino super. Per gli altri è discutibile: un concerto mega (?), una cena ultra (?) ecc., ma la vicinanza con gli altri rende giustificabile anche questi casi. 
Su questo stesso argomento si può vedere anche la risposta n. 2800144 dell'archivio di DICO.
Fabio Ruggiano