Entrambe le varianti sono corrette, ma hanno un significato diverso. Il condizionale passato in questo caso non funge da futuro nel passato, ma rappresenta una variante più cortese del congiuntivo imperfetto. In altre parole "credo che avrebbe dovuto valorizzarti di più" equivale dal punto di vista del significato a "credo che dovesse valorizzarti di più", ma è pragmaticamente meno diretto. Dal punto di vista temporale, il congiuntivo imperfetto (quindi anche il condizionale passato che corrisponde al congiuntivo imperfetto) indica in questo caso che l'evento del trattare è anteriore rispetto all'evento reggente, ovvero rispetto a credo. Il congiuntivo trapassato indica, invece, che l'evento è anteriore rispetto a un altro evento lasciato sottinteso, per esempio: "credo che avesse dovuto valorizzarti di più prima che fosse troppo tardi".
Fabio Ruggiano