La scelta del modo verbale per le subordinate relative non è sempre scontata, perché può dipendere da diversi fattori, tra cui il significato del verbo contenuto nella relativa, la forma dell'antecedente del pronome relativo (cioè del nome a cui il pronome si riferisce), possibili sfumature che l'emittente vuole conferire all'enunciato.
Nella sua frase, la variante con l'indicativo da una parte è quella più naturale, in considerazione del fatto che il fumare è un'azione non opinabile: il ragazzo o fumava o non fumava. Diversamente, il congiuntivo sarebbe stato molto più adatto ad una frase come "Era da tanto tempo che non leggevo un libro che mi piacesse", proprio perché l'azione, o meglio la sensazione, del piacere è del tutto opinabile.
D'altro canto, non si può dire neanche che il congiuntivo sia scorretto, perché l'indeterminatezza del referente un ragazzo conferisce all'azione del fumare un certo grado di opinabilità. Il congiuntivo sarebbe stato inaccettabile, al contrario, in una frase come: "Era da tempo tempo che non uscivo con quel ragazzo che *fumasse" (forma corretta: "Era da tempo tempo che non uscivo con quel ragazzo che fumava"), nella quale il referente quel ragazzo è, appunto, determinato.
Fabio Ruggiano