La costruzione con il condizionale passato va bene; quella con il congiuntivo trapassato no. Il condizionale passato esprime il futuro nel passato; la sua frase con il condizionale passato, pertanto, equivale a pensavi che in seguito, quando si sarebbe girata, avrebbe avuto un telefono? 
Il congiuntivo trapassato, invece, esprime l'anteriortà rispetto al passato; la sua frase con il congiuntivo trapassato, pertanto, equivale a pensavi che prima di adesso lei avesse avuto un telefono? Chiaramente, non è questo che il parlante intende. 
Un'altra possibilità è pensavi avesse un telefono..., nella quale il congiuntivo imperfetto esprime la contemporaneità nel passato, quindi si riferisce al fatto che il telefono era già nella mano della ragazza mentre l'altro ragazzo ci stava pensando.
Fabio Ruggiano