Non sarebbe stata più corretta, ma semanticamente diversa: vorresti dire rappresenta l'atto del dire come ancora attuale, mentre avresti voluto dire lo riporta al momento in cui è stato detto qualcosa. Nel primo caso, quindi, si considera la cosa detta come rilevante per il prosieguo della conversazione; nel secondo caso la si mantiene nel passato, suggerendo che sia poco rilevante. 
Al posto del condizionale, si può usare il congiuntivo, più adatto a contesti formali: "Non si capisce quello che tu voglia / abbia voluto dire". Al contrario, l'indicativo è più diretto del condizionale, quindi è adatto a contesti molto informali, perché è privo della cortesia veicolata dal condizionale: "Non si capisce quello che vuoi / hai voluto dire".
Fabio Ruggiano