Non vorrei che + congiuntivo trapassato è possibile, anzi preferibile, rispetto non vorrei che + congiuntivo passato, per esprimere un desiderio rispetto a un evento ormai avvenuto. Nella risposta a cui lei fa riferimento il problema era la contrapposizione con il congiuntivo presente, per questo il trapassato non è stato contemplato. 
La preferenza per i tempi del passato nella completiva retta da verbi di desiderio, aspirazione, necessità al condizionale presente non intacca la costruzione di altre subordinate, che continuano a rispettare le proprie regole anche se nella reggente c'è un verbo di questo tipo. Né hanno alcun peso nella costruzione sintattica le sfumature semantiche di vorrei o simili. Le proposizioni introdotte da a patto che sono condizionali e richiedono il modo congiuntivo; il tempo dipende dal grado di possibilità dell'evento espresso. Il suo primo esempio (vorrei vedere... a patto che mi faccia) è equivalente alla frase vorrei vedere un film, ma lo farei a patto che mi faccia compagnia, che non presenta difficoltà. Il secondo esempio (vorrei vedere... a patto che mi facesse) è equivalente a vorrei vedere un film, ma lo farei a patto che mi facesse compagnia, ugualmente corretta, con una sfumatura di possibilità più marcata veicolata da facesse rispetto a faccia. L'evento, cioè, è rappresentato da facesse come possibile, mentre con faccia si allude soltanto al rapporto di condizione e conseguenza. Impossibile sarebbe, invece, una costruzione come *vorrei vedere un film, a patto che mi avesse fatto compagnia, perché l'impossibilità espressa da avesse fatto contrasta con il desiderio ancora attuale. In relazione a avesse fatto sarebbe richiesto avrei voluto vedere.
Fabio Ruggiano