La premessa non è precisa: il condizionale passato del discorso indiretto esprime il cosiddetto futuro nel passato, ovvero indica un evento successivo rispetto a un altro che è, a sua volta, passato. Per questo motivo, il condizionale passato sostituisce, nel discorso indiretto, non soltanto il futuro anteriore, ma anche il futuro anteriore del discorso diretto.
Venendo allo specifico del suo caso, premetto che la variante con il discorso indiretto è meglio costruita con l'infinito, vista l'identità di soggetto tra la reggente e l'oggettiva (Marco disse che dopo essere tornato a casa...). Volendo, invece, mantenere la forma esplicita, nella sua frase sia sarò tornato sia potrai divengono condizionali passati (sarebbe tornato e saresti potuto) perché entrambi questi eventi sono futuri rispetto a un passato che è rappresentato dal verbo disse. Effettivamente, come lei ha notato, la successione temporale in questo modo si annulla; bisogna, però, rilevare che questo non comporta nessuna ambiguità, perché alla precisione morfosintattica supplisce la logica (nessun parlante avrebbe dubbio sulla corretta ricostruzione della sequenza delle azioni anche di fronte ai due condizionali passati). Non a caso, anche nel discorso diretto si fa spesso a meno del futuro anteriore, confidando nella possibilità di ricostruire la sequenza delle azioni future per logica: "Marco disse: 'Quando tornerò, tu potrai uscire'" non presenta difficoltà interpretative di sorta.
La sostituzione del condizionale passato con il congiuntivo trapassato è possibile perchè nella consecutio temporum quest'ultima forma esprime anteriorità rispetto a un tempo passato. In questo caso il tempo passato sarebbe saresti potuto (che rimane passato pur essendo futuro nel passato). In questo modo, la prospettiva cambia leggermente, e da due eventi ugualmente futuri rispetto a uno passato si passa a due eventi dei quali uno è futuro rispetto al passato (saresti potuto) e l'altro è anteriore rispetto a quest'ultimo (fosse tornato). 
La struttura con il congiuntivo trapassato e il condizionale passato ricalca quella del periodo ipotetico del terzo tipo (= se fosse tornato a casa, tu saresti potuto uscire); sarebbe possibile, ma non necessario, pertanto, attribuire alla frase così formata una sfumatura ipotetica (la proposizione temporale, quindi, sarebbe temporale-condizionale).
Per quanto riguarda l'esempio finale, le varianti sono possibili. Avessero detto, anzi, è quella più formale. Dicessero si può giustificare nell'ottica della consecutio temporum, in quanto evento contemporaneo nel passato rispetto ad avrei fatto; contrasta, però, con il tempo del congiuntivo della protasi (fossi stato), dal quale è fortemente attratto. 

Fabio Ruggiano