Dipende dal significato ricercato: non abbia visto... quando ti sottopose mette i due eventi sullo stesso piano; non avesse visto... quando ti sottopose antepone l'evento del vedere a quello del sottoporre. Nel primo caso, quindi, si suppone, dal punto di vista semantico, che il non vedere sia stato il risultato (involontario) del sottoporre; nel secondo caso, al contrario, il non vedere deve essere non collegato al sottoporre (si dà, cioè, l'idea che il medico abbia sottoposto la persona all'ecografia senza aver prima visto la ciste, quindi per altre ragioni).
Si badi che in questo caso il tempo della proposizione temporale è dettato non dalla consecutio temporum, ma dal senso espresso autonomamente dai tempi verbali coinvolti: un passato in dipendenza da un passato = contemporaneità del passato; un passato in dipendenza da un trapassato = un evento successivo a un altro nel passato (ovvero uno precedente a un altro nel passato). Il tempo verbale nella proposizione temporale, infatti, risponde a ragioni semantiche, non sintattiche. 
Fabio Ruggiano