Per essere sicuri di quale funzione sia svolta dal relativo basta fare la prova della reggenza sostituendolo con un pronome personale: nel nostro caso che vogliamo bene diventa le vogliamo bene (non la vogliamo bene), oppure vogliamo bene a lei (non vogliamo bene lei).
Nell'italiano contemporaneo si sta diffondendo il cosiddetto che relativo non flesso, che sostituisce tutte le altre forme del relativo (ovvero cui preceduto da preposizione). Si tratta di un uso trascurato, accettabile soltanto in contesti molto informali e parlati. Per un approfondimento sulla questione si può leggere anche la risposta n. 2800522 dell'archivio di DICO.
Intercambiabili, invece, sono cui e a cui; la variante senza preposizione risulta più ricercata e quindi più formale, quella con preposizione è più comune e comunque valida in tutti i contesti.
Fabio Ruggiano