Nonostante il nome simile, i due oggetti sono molto diversi. La fonosintassi è un complesso di processi linguistici che coinvolgono sia la fonetica sia la sintassi, ovvero coinvolgono la fonetica nel momento in cui le singole parole si "toccano" all'interno della frase (questo avviene perché nella pronuncia le parole non sono separate, ma il confine finale della precedente si fonde con quello iniziale della seguente). Per fare qualche esempio, in italiano l'avverbio a volte si pronuncia [a'v:ɔlte], con una [v] intensa, per un fenomeno noto come raddoppiamento fonosintattico (per questo le persone meno abituate a scrivere scrivono l'avverbio *avvolte, riproducendo l'effettiva pronuncia del termine). Un altro processo tipico della fonosintassi italiana è la labializzazione della [n] davanti a un fonema labiale, come in con poco, che si pronuncia [kom'pɔko]. 
La fonotassi, invece, è una branca della fonologia (cioè dello studio dei fonemi caratteristici di una lingua). Questa disciplina indica quali sono le sequenze fonematiche (sillabe, sequenze consonantiche e vocaliche) ammesse in una lingua, e quali non sono ammesse. In italiano, per esempio, non è ammessa una sequenza consonantica del tipo [bll], cioè consonante seguita da consonante geminata. Tutte le parole di una lingua sono soggette alle restrizioni fonotattiche; nelle parole onomatopeiche, in particolare, queste restrizioni, insieme a quelle morfologiche, regolano il processo di trasformazione dei suoni naturali in parole. 
Una nota: il verso del cane in italiano non è l'abbaglio, ma l'abbaio, l'abbaiamento o l'abbaiare. 
Fabio Ruggiano