Come regola generale, sconsiglio sempre di sostenere che una forma o una costruzione sia scorretta. Molto spesso, infatti, l'errore si rivela essere una variante ammessa dalla lingua, magari con qualche restrizione, o addirittura pienamente legittima. In questo caso, per esempio, le tre forme verbali da lei prospettate sono valide, a certe condizioni. In particolare, fosse è addirittura l'unica possibile se la situazione di cui si parla è passata: "Se verificassi (ora) che la situazione (ieri) fosse sotto controllo mi sentirei più tranquillo". Se, invece, la situazione è attuale, sia è sicuramente la forma più attesa, perché in linea con le regole della consecutio temporum, secondo cui il presente congiuntivo indica contemporaneità nel presente con il verbo della reggente. La forma fosse, però, non è comunque da escludere, perché può essere attratta dalla struttura sottostante: "Se la situazione fosse sotto controllo mi sentirei più tranquillo". Si tratta di un uso meno preciso, ma che non definirei scorretto. L'indicativo presente, infine, non rappresenta la situazione come realistica, come lei suppone, ma abbassa il registro linguistico. Non c'è differenza tra sia e è dal punto di vista sintattico, ma la prima forma è più formale della seconda.
Fabio Ruggiano