​Partiamo dall'assunto che i tempi dell'indicativo e del congiuntivo si equivalgono nella proposizione completiva (quindi tanto in "che malattia..." quanto in "che contnuare a studiare..."); il congiuntivo, rispetto all'indicativo, caratterizza la frase come più formale, ma non ne modifica il senso. Il condizionale presente, a sua volta, coincide con l'indicativo presente (sia che usiamo il condizionale del verbo, sia che affianchiamo al verbo un verbo servile come potere). Rispetto all'indicativo, il condizionale aggiunge una sfumatura di eventualità, suggerendo che ci sia un'altra condizione sottintesa. Per esempio, nella prima frase "ti domanderesti che malattia potresti avere" suggerisce "... che malattia potresti avere se tu fossi malato". Come si nota, dal punto di vista semantico non cambia molto; il condizionale, infatti, serve qui non per aggiungere informazioni, ma come espediente per attenuare il peso emotivo dell'affermazione.
Per quanto riguarda i tempi, tutte le varianti da lei proposte sono corrette per entrambe le frasi, ma nel passaggio dall'una all'altra cambia leggermente da una parte il rapporto temporale tra la condizione e la conseguenza (l'apodosi), dall'altra il rapporto temporale tra la reggente (che coincide con l'apodosi) e la completiva.
Sul versante del periodo ipotetico, "se non ti fossi sottoposto... ti domanderesti" comporta uno scarto temporale tra i due eventi: la condizione è avvenuta nel passato, la conseguenza è contemporanea al momento dell'enunciazione; "se non ti fossi sottoposto... ti saresti domandato", invece, rappresenta i due eventi come contemporanei tra loro, ma entrambi passati rispetto al momento dell'enunciazione. La stessa relazione vale per la seconda frase. 
Sul versante della proposizione completiva, vale la regola generale della consecutio temporum: il presente instaura un rapporto di contemporaneità con il verbo della reggente, il passato di anteriorità, il futuro (o il congiuntivo presente) di posteriorità. Quando la reggente è al passato, il futuro si costruisce con il condizionale passato; è il caso della variante 3f) [...] "ti saresti reso conto [nel passato] che continuare a studiare sarebbe stata [nel futuro rispetto a quel passato] la soluzione migliore".
Potrà trovare molti altri esempi e spiegazioni sulla consecutio temporum e sull'uso dei modi nel periodo ipotetico nell'archivio di DICO, scrivendo nel campo search o consecutio temporum o periodo ipotetico.
Fabio Ruggiano