​Le frasi sono tutte corrette, ma descrivono situazioni leggermente diverse.
La scelta del tempo del congiuntivo della proposizione subordinata (qui di tipo esclusivo) dipende proprio dalla consecutio temporum: secondo questa organizzazione del verbo, il congiuntivo passato (sia stato fatto) indica anteriorità rispetto al presente, quindi la prima frase descrive la situazione in cui il pagamento sia stato fatto in seguito alla (e nonostante la) mancata realizzazione del lavoro. Vero è che ho pagato non sia presente, ma passato prossimo; nella prima frase, però, questo tempo indica la situazione attuale, che è il risultato dell'azione del pagare (come se significasse 'mi trovo adesso ad aver pagato'). Il congiuntivo trapassato (fosse stato fatto) indica anteriorità rispetto al passato, quindi la seconda frase descrive la situazione in cui il pagamento sia stato fatto in passato in seguito alla (e nonostante la) mancata realizzazione del lavoro. Qui il passato prossimo assume il suo valore proprio di passato. Lo stesso vale per la terza frase, che, in forza del congiuntivo imperfetto (fosse fatto), descrive la situazione in cui il pagamento sia stato fatto in passato, contemporaneamente alla mancata realizzazione del lavoro.
Fabio Ruggiano