Vorrei portare alla vostra attenzione un passaggio ricavato da un romanzo che sto leggendo:

È o non è probabile che, una volta che non fosse avvenuta la resurrezione fisica del corpo di Gesù, i suoi resti fossero stati deposti in un ossario presso il monte Moriah, con vista privilegiata sul Tempio?”
(traduzione dall'originale di Vaticanum di J.R. Dos Santos, pagina 379, pubblicato da Newton Compton editori).

Ammetto tutte le mie difficoltà nello stabilire in primis se il costrutto sia valido dal punto di vista sintattico e, in secondo luogo, nel comporre la relazione semantica tra le proposizioni contenenti i due congiuntivi trapassati.
Modificando l’assetto del costrutto, a mio avviso aumenterebbe la comprensione del passaggio:

È o non è probabile che i suoi resti fossero stati deposti in un ossario presso il monte Moriah, con vista privilegiata sul Tempio, una volta che non fosse avvenuta la resurrezione fisica del corpo di Gesù?”

Ma tenderei comunque a differenziare i due tempi del congiuntivo, trasformando fossero stati deposti in siano stati deposti.