​Sì. Il pronome cui inserito tra l'articolo determinativo e il nome ad esso collegato equivale a di cui; quindi le cui cause = le cause di cui, e delle cui cause = delle cause di cui. "Un fenomeno delle cui cause non si ha conoscenza", in defininitiva, equivale a "Un fenomeno delle cause di cui non si ha conoscenza".
Fabio Ruggiano