​"A scuola ho avuto una compagna che ha 6 fratelli" indica che l'emittente frequenta ancora la compagna e vuole sottolineare che questa ha ancora 6 fratelli. 
"A scuola ho avuto una compagna che aveva 6 fratelli" indica che l'emittente non è certo se la compagna continui ad avere 6 fratelli. 
"A scuola ho avuto una compagna che ha avuto 6 fratelli" è molto strano e da evitare, perché avere fratelli può essere solamente un evento durativo (quindi espresso al presente o all'imperfetto), mentre il passato prossimo del verbo avere seleziona l'aspetto momentaneo del verbo. Per capire meglio questa differenza si confronti "Mario aveva due figli" = 'Mario aveva (e forse ha ancora) una famiglia con due figli' e "Mario ha avuto due figli" = 'La compagna / moglie di Mario ha partorito due figli'. 
Fabio Ruggiano