​La costruzione della frase è corretta e ancora a suo agio nell'italiano contemporaneo, anche di media formalità, senza coloriture regionali; ho trovato, per esempio, un costrutto simile in un account Facebook: "Come faccio a segnalare una persona che so avere un profilo falso ma mi ha bloccato?". A darle la sensazione di arcaicità è forse l'apocope di aver, che suona un po' letteraria, sebbene sia anch'essa piuttosto comune.
Ha ragione a ricordare la norma della conservazione del soggetto per l'infinito. Questa, però, non è assoluta e, in questo caso, viene infranta con buone ragioni (nonché sulla base di un modello molto antico). La costruzione sintattica superficiale della frase nasconde una costruzione logica bimembre: da una parte "Incontro persone", dall'altra "so che queste persone hanno opinioni diverse dalle mie". Il pronome relativo consente di fondere le due costruzioni logicamente autonome in modi diversi, per esempio così: "So che le persone che incontro hanno opinioni diverse dalle mie". Se, però, per ragioni informative, vogliamo isolare a sinistra della frase "Incontro persone", si crea un corto circuito tra la sintassi e la logica, perché la proposizione dipendente dal verbo sapere è a metà strada tra una oggettiva e una relativa. Nella frase "Incontro persone che so che hanno opinioni diverse dalle mie", cioè, il parlante rimane incerto se interpretare "che hanno opinioni diverse dalle mie" come una relativa dipendente da "Incontro persone" (come se "che so" fosse, in realtà, una incidentale tipo " - e lo so -") o come una oggettiva dipendente da "che so". La costruzione con l'infinito elimina la difficoltà
Si noti, a questo proposito, che il soggetto dell'infinito in quest'ultima costruzione non può che essere l'oggetto del verbo della reggente. Se il soggetto fosse lo stesso della reggente sarebbe richiesta la preposizione introduttiva di: "So di aver opinioni diverse"; nel caso specifico, però, il risultato sarebbe incoerente, visto che la frase completa diverrebbe *"Incontro persone che so di aver opinioni diverse dalle mie".
Avvicinerei questo caso agli altri comunemente considerati le eccezioni più evidenti alla norma dell'identità del soggetto tra la reggente e la subordinata implicita, le frasi con un verbo di comando o licenza e quelle con un verbo di percezione nella reggente, nelle quali il soggetto della oggettiva è senz'altro l'oggetto (diretto o indiretto) del verbo della reggente, non il soggetto: "Ti ordino / permetto di fare ì compiti" = "Ordino / permetto che tu faccia i compiti"; "Ti ho visto uscire" = "Ho visto che tu uscivi / sei uscito". 
Fabio Ruggiano