​Le espressioni che lei ha correttamente definito deittiche servono a indicare una persona, un luogo o un momento presente nella realtà extralinguistica. Tra le più comuni riconosciamo i pronomi personali e i dimostrativi, gli avverbi di tempo e di luogo; anche i tempi verbali, però, possono svolgere questa funzione: se dico, ad esempio, "Sto lavorando", è chiaro che l'azione sta avvenendo adesso. I deittici hanno la caratteristica di mutare di senso al mutare della situazione extralinguistica. L'enunciato "Sto lavorando" pronunciato da Luca il 19 maggio 2019 alle 20:30 a casa ha un significato diverso da "Sto lavorando" pronunciato da Maria il 20 maggio alle 9:00 in ufficio. I due enunciati, cioè, indicano (deissi significa proprio 'indicazione') due situazioni completamente diverse.
Vista la loro relazione con la situazione extralinguistica, i deittici sbagliati provocherebbero un senso di straniamento nell'interlocutore e potrebbero inficiare la comprensione. Ad esempio, se un amico chiedesse a Luca: "Che stai facendo?" e lui rispondesse "Ieri ha lavorato", l'amico rimarrebbe molto perplesso (a meno che non conoscesse dettagli della vita di Luca che spiegassero una simile risposta).
In realtà, è rarissimo che un parlante nativo abbia dubbi su quale deittico usare per descrivere la situazione a cui sta pensando: è una competenza che si acquisisce fin da piccolissimi.
I problemi possono insorgere quando il parlante deve proiettarsi in un centro deittico diverso da io-qui-ora. Quando, cioè, deve parlare non di sé adesso, ma di sé nel passato, o di altri nel presente, nel passato o nel futuro, il centro deittico, il centro da cui si dipartono le coordinate personali e spazio-temporali, lo può indurre in errore. L'errore consiste quasi sempre (è così in tutti i suoi esempi) nella confusione tra quel centro deittico altro con quello relativo a io-qui-ora; ne deriva la sovrapposizione della situazione contingente, quella in cui l'emittente sta interloquendo con il ricevente, con quella riportata: quest'ultima viene riportata a qui-ora e a volte anche a io (si pensi a casi tipici della lingua poco sorvegliata come "Io sono una persona che sono sempre generoso", ovviamente detto da un uomo), e viene, pertanto, descritta con i deittici propri della contingenza. Alcuni casi sono talmente comuni che possono essere considerati normali, almeno nel parlato poco sorvegliato e nello scritto dialogico; penso a stavolta della sua frase 4, a ora in una frase come questa: "Aveva provato di tutto e ora era rimasto senza alternative" (ora nella sua frase 3, invece, mi sembra più difficile da accettare, probabilmente perché accompagna un passato remoto, non un imperfetto), e casi simili. 
Bisogna anche considerare che lo slittamento di piani indessicali può essere dovuto non alla confusione dei centri deittici ma al preciso intento, di natura letteraria, di sovrapporli. Si consideri un esempio come questo (dagli Indifferenti ​di Alberto Moravia): "il disgusto che provava di se stesso aumentava; ecco: egli era dovunque così: sfaccendato, indifferente; questa strada piovosa era la sua vita stessa". L'aggettivo dimostrativo questa è ovviamente fuori luogo in un racconto al passato, e andrebbe sostituito con quella. L'autore, però, non si è confuso: ha volutamente giocato con le possibilità della lingua per catapultare per un attimo il personaggio nell'io-qui-ora del lettore, che se lo vede quasi davanti, per poi riportarlo al suo centro deittico naturale.
Visto che i deittici fuori luogo dei suoi esempi potrebbero essere voluti dagli autori, suggerire correzioni potrebbe essere un eccesso di zelo. In ogni caso, volendo rispettare le regole standard della grammatica, ecco come si potrebbero emendare le frasi (in alcuni casi non faccio che applicare i suoi suggerimenti, che sono corretti):

1) Leo era già stato rimproverato a più riprese, ma in quella occasione non proferì parola.
2) Marisa lo aveva cercato dappertutto e allora lo vide.
3) Non riuscì a trovare la via di fuga ma allora / in quel momento notò una luce in fondo alla galleria.
4) Il suono del vento gli procurò stavolta / quella volta un forte malessere.
5) In Michele scintillò la rabbia che, quella volta / in quella occasione, lo colpì come non mai.
6) La guardò come non era mai accaduto fino ad allora / fino a quel momento.

Fabio Ruggiano