Stando al GRADIT, il dizionario dell'uso più esteso in circolazione, il verbo trascendere può essere transitivo e intransitivo. Tralasciando le accezioni tecnico-specialistiche e quelle letterarie, come intransitivo, il verbo ha il significato di 'dare in escandescenze' e può avere come ausiliare essere o avere: "Non capisco perché hai/sei trasceso in quella discussione". Il verbo ha anche il significato di 'oltrepassare, andare oltre', che si avvicina (sebbene non coincida) a quello che lei intendeva. Sempre secondo il GRADIT, però, con questo significato il verbo deve essere costruito transitivamente, quindi non "se loro non trascendono da ciò che vogliono fare", ma "se loro non trascendono ciò che vogliono fare". Così costruita, la frase significa, grosso modo, 'se loro non finiscono con il fare più di quanto era loro intenzione'. 
A dispetto della regola, per la verità, è invalso l'uso intransitivo del verbo anche con il significato di 'oltrepassare'. Una veloce ricerca in Internet mostra frasi come "qualità che trascendono da un mero discorso tecnico",  "i leader trascendono da un ruolo meramente manageriale", "i tradizionali strumenti normativi trascendono da una dimensione territoriale ben definita", "interessi che trascendono da quelli inerenti alla soluzione della controversia" ecc. 
In conclusione, trascendere non può significare 'fare diversamente', ma può significare 'oltrepassare, superare, andare oltre'. Con questo significato, secondo i dizionari andrebbe costruito transitivamente, quindi con il complemento oggetto, ma l'uso intransitivo, con la preposizione da, è comune nell'uso, anche in testi mediamente e altamente formali.
Fabio Ruggiano