​Il congiuntivo è una risorsa che l'italiano ha sviluppato per segnalare la subordinazione. Il nome stesso del modo allude alla sua funzione di collegare le proposizioni, ma ricordiamo che in passato per designarlo era usato anche il termine soggiuntivo (ancora oggi in inglese esso è definito subjunctive), ancora più esplicito riguardo alla funzione di aggiungere parti della frase subordinate alla proposizione principale. 
In astratto, quindi, il congiuntivo è il modo delle subordinate, o almeno di quelle esplicite, visto che le implicite usano i modi indefiniti. In effetti, se osserviamo il panorama delle proposizioni subordinate, vediamo che molte richiedono obbligatoriamente o facoltativamente il congiuntivo (finali, completive, ipotetiche non del primo tipo, relative improprie, concessive, comparative di minoranza e maggioranza, eccettuative), e quando è prevista la possibilità di scegliere tra il congiuntivo e l'indicativo, il primo rappresenta la variante più formale. 
Se molte subordinate richiedono il congiuntivo, alcune, al contrario, lo rifiutano: le causali (ma non le causali irreali, sulle quali si veda questa risposta dell'archivio di DICO: https://bit.ly/2XpQU1x), le temporali, le relative proprie, le consecutive, le ipotetiche di primo grado (del tipo "Se sei tanto sicuro, fallo"), le comparative di uguaglianza e di analogia. Questa distinzione tra subordinate al congiuntivo e subordinate all'indicativo non deve sorprendere: le lingue non sono meccanismi perfetti. Il congiuntivo è il modo della subordinazione, ma l'indicativo non è escluso da questa funzione. 
Del resto, lo stesso congiuntivo può figurare in proposizioni indipendenti, al posto dell'indicativo (che, come si sa, è il modo per eccellenza della proposizione principale), come in "Volesse il cielo che la mia squadra vincesse il campionato", o "Mio padre dica quel che vuole: io al concerto andrò comunque", o "I volontari facciano un passo avanti" e simili. In realtà, se osserviamo bene, le proposizioni principali al congiuntivo sono subordinate ad altre proposizioni all'indicativo, che rimangono implicite: "(Vorrei che) volesse il cielo che la mia squadra vincesse il campionato", o "(Lascio che) mio padre dica quel che vuole: io al concerto andrò comunque", o "(Ordino che) i volontari facciano un passo avanti". 
La selezione dell'indicativo da parte di alcune subordinate, invece, è dovuta allo stretto legame logico esistente tra queste subordinate e la principale, ma anche alla tradizione e all'uso (non sempre è possibile ricondurre le strutture sintattiche a ragioni logiche). È possibile fare una graduatoria tra le subordinate in base al criterio della aderenza logica con la principale. Le più aderenti sono quelle proposizioni che richiedono l'indicativo anche quando sono dipendenti da proposizioni a loro volta al congiuntivo, come le consecutive, le relative proprie, la causali: "Dicono che Luca fosse tanto stanco che dormì per due giorni"; "Non sapevo che tu avessi conosciuto il ragazzo di cui ti avevo parlato tanto"; "Vorrei che tu venissi perché lo vuoi, non perché tu sia costretto" (sulle causali irreali si è detto sopra). Più incerto il comportamento delle comparative di uguaglianza: "Andrea si comporta sempre come ci si aspetta da lui", ma "Sospetto che Andrea si comporti sempre come ci si aspetti da lui". Ovviamente, però, è anche possibile "Sospetto che Andrea si comporti sempre come ci si aspetta da lui".  Anche in questi casi, come in tutti quelli in cui è possibile l'alternanza tra l'indicativo e il congiuntivo, vale la norma non scritta che il congiuntivo rappresenti la soluzione più formale. Come si è detto, l'aderenza logica alla reggente non può spiegare tutti i casi: le completive, per esempio, tanto legate alla reggente da essere necessarie (una frase come "Sono convinto che tu mi stia imbrogliando" non avrebbe senso compiuto se togliessimo "che tu mi stia imbrogliando") sono quasi sempre costruite con il congiuntivo.
La specializzazione sintattica del congiuntivo nella segnalazione della subordinazione ha finito per assegnargli la sfumatura semantica di modo della ipotesi, dell'eventualità, della possibilità, della controfattualità. Questa sfumatura, sviluppatasi secondariamente rispetto alla funzione sintattica primaria, è oggi percepita come il carattere preminente del congiuntivo. È opinione comune, per esempio, che "Credo che tu sei un buon amico" esprima certezza, mentre "Credo che tu sia un buon amico" esprima dubbio; la differenza, invece, è, come detto, di natura diafasica: la prima variante è meno formale della seconda, ed è, coerentemente, tipica del registro medio-basso nello scritto e del registro medio e medio-alto nel parlato. Lo stesso vale per "La tua proposta è migliore di quanto mi aspettavo" e "La tua proposta è migliore di quanto mi aspettassi" e, ribadisco, per tutti gli altri casi di possibile alternanza. 
Certo, una convinzione così radicata come quella che il congiuntivo sia il modo dell'eventualità non può essere trascurata: anche se si tratta di una interpretazione secondaria, oggi essa è attiva nella percezione dei parlanti, quindi va registrata. Possiamo dire, quindi, che il congiuntivo è il modo della subordinazione, ma veicola anche, secondariamente e non sempre, una sfumatura semantica epistemica: il parlante, usandolo, esprime incertezza sulla fattualità di ciò che sta affermando.
La relazione tra indicativo e congiuntivo è al centro di molte domande poste a DICO nel tempo: una delle ultime risposte sull'argomento si può leggere qui: https://bit.ly/2GnQ1zH, ma consiglio anche di interrogare l'archivio inserendo nel motore di ricerca interno la parola chiave congiuntivo
Fabio Ruggiano