​Come da lei giustamente notato, la punteggiatura che segnala il discorso diretto è soggetta a forti variazioni, dovute alle diverse tradizioni editoriali, quasi tutte, in linea di principio, valide, ma anche alla difficoltà a stabilire la relazione sintattica tra le virgolette e gli altri segni di interpunzione. 
Limitandoci agli esempi da lei portati (che, comunque, non sono gli unici possibili), alcune considerazioni possono aiutarci a valutarne almeno la coerenza interna e il rispetto delle norme generali dell'interpunzione. In tutti gli esempi, l'espressione fuori dalle virgolette, che prende forme diverse, è identificabile come un inciso; questo, di norma, va inserito tra virgole, trattini lunghi, parentesi, oppure, solo in casi particolari, tra punti e virgola o punti fermi. Questo mi induce a considerare l'esempio 2. poco accurato, perché manca la virgola di chiusura dopo disse. Più comprensibile, ma pur sempre non ideale, la scelta di 5., che evita la virgola dopo il punto interrogativo e attribuisce, pertanto, a quest'ultimo anche la funzione di segnalare l'inizio dell'inciso. 
L'esempio 3. mi risulta incomprensibile: l'inciso non introdotto dal alcun segno e concluso con un punto fermo è decisamente insolito. L'unica giustificazione per questa scelta si può trovare in un'eventuale sfumatura semantica ricercata dallo scrivente con questo uso (ma bisognerebbe valutare un brano più ampio). Diverso è il caso di 6., nel quale il punto dopo disse induce il lettore a immaginare uno stacco netto, intonativo e logico, tra il primo e il secondo intervento tra virgolette. Il fatto che i due interventi siano sintatticamente autonomi consente questa interpretazione, impedita, nell'esempio 3., dalla relazione di subordinazione tra il primo e il secondo intervento.
Inutili e da eliminare, infine, sono gli spazi tra i segni interni e le virgolette di chiusura in 4. e 5.
Difficile stabilire se sia meglio inserire i segni come le virgole dentro o fuori dalle virgolette: personalmente ritengo che solamente le marche dell'intonazione, ovvero punti esclamativi, punti interrogativi e puntini di sospensione (oltre, ovviamente, ai trattini che riguardano il discorso contenuto all'interno delle virgolette) andrebbero inseriti dentro le virgolette, mentre tutti gli altri segni andrebbero posti fuori. In questo modo si risolve il dilemma del doppio segno di 5., che diventerebbe così: 

«E come è possibile?», domandò, «ognuno ha quel che si merita», o anche: «E come è possibile?», domandò, «Ognuno ha quel che si merita».

È, quest'ultima, la soluzione per cui parteggio. Se, invece, accettiamo l'inserimento di tutti i segni dentro le virgolette, la soluzione 1. appare internamente coerente ed efficace. 
Fabio Ruggiano