Per quanto riguarda la prima parte della sua domanda, relativa agli usi dell'imperfetto, la risposta, anticipata dagli eloquenti esempi da lei stesso addotti, è sì: l'imperfetto, tempo particolarmente versatile, può fare le veci del condizionale passato per indicare il futuro nel passato. Si tratta di una scelta meno formale, ma che semplifica la frase, quindi particolarmente adatta al parlato. Per capirci, "Ha detto che veniva" è equivalente, ma meno formale, di "Ha detto che sarebbe venuto".
La sua sensazione riguardo al progressivo abbandono del futuro anteriore è corretta: i parlanti sono solitamente disposti a sacrificare la sfumatura di significato che questo tempo veicola (ma che è quasi sempre ricavabile dal co-testo) in favore della maggiore semplicità del futuro semplice o del presente indicativo ("Se arrivi entro le cinque mi trovi in casa" è più pratico di "Se arriverai entro le cinque mi troverai in casa" e decisamente più pratico di "Se sarai arrivato entro le cinque mi troverai in casa").
Niente vieta, ovviamente, di preferire il futuro anteriore, soprattutto in contesti di alta formalità, oppure quando il co-testo lasci spazio per ambiguità. Questo non è il caso del suo esempio "Se ti incontrassi tra un anno, ti porterei i libri che nel frattempo ho letto", nel quale l'avverbio nel frattempo (che fa parte del co-testo, appunto) esclude che ho letto sia passato rispetto al momento dell'enunciazione e indirizza il ricevente a interpretarlo come passato rispetto al tempo della reggente, ovvero rispetto al futuro (potremmo dire che è un passato nel futuro). Senza accorgersene, quindi, lei stesso ha costruito la frase in modo da prevenire la potenziale ambiguità generata dal passato prossimo in questo contesto. 
Diversamente, l'esempio "Se ogni sei mesi ti sottoponi (o sottoporrai) all'esame, tra un anno potrai presentare al medico tutti i referti che hai/avrai raccolto" sarebbe ambiguo con il passato prossimo e più chiaro con il futuro anteriore. Si tratta, comunque, di una ambiguità minima: il significato complessivo della frase consentirebbe facilmente di inferire la funzione specifica del tempo verbale anche qualora si usasse il passato prossimo. Questo non deve sorprendere: il progressivo abbandono del futuro anteriore è causato proprio dalla sua scarsa funzionalità, ovvero dalla sua sostituibilità quasi in ogni contesto con altri strumenti (avverbi o altri tempi verbali).
Fabio Ruggiano