L'alternanza tra congiuntivo e indicativo è soprattutto presente nelle interrogative indirette: la causa di tale fenomeno è da ricercarsi forse nella coscienza dei parlanti, che tendono ad annullare la differenza tra interrogative dirette (sempre all'indicativo) e indirette ("c'è da chiedersi perché mancasse" / "c'è da chiedersi: perché è mancata?"). Nel suo caso, entrambe le frasi sono corrette: esiste però una sfumatura diversa. Nell'interrogativa indiretta, l'anteriorità rispetto alla reggente viene espressa da un passato prossimo (meno frequenti l’indicativo imperfetto, il passato remoto o il trapassato prossimo), o dal congiuntivo passato (meno frequenti congiuntivo imperfetto e trapassato). La frase, a seconda dei contesti, può essere resa nei seguenti modi: - c'è da capire perché gli è mancata [mancava / mancò / era mancata]. - c'è da capire perché gli sia mancata [mancasse / fosse mancata]. La soluzione con il congiuntivo, preferibile in contesti d'uso di alta formalità, è più aderente alla grammatica standard; quella con l'indicativo, adatta a contesti d'uso di media formalità, ha il vantaggio di essere più chiara (non c'è bisogno, infatti, di esplicitare il soggetto). 
Raphael Merida