L'indicativo nella proposizione oggettiva ("che Dio esiste") è corretto, sebbene meno formale del congiuntivo ("che Dio esista"). La differenza tra indicativo e congiuntivo, in effetti, è soprattutto di natura diafasica, ovvero di maggiore o minore formalità: la sfumatura epistemica (relativa al grado di certezza dell'emittente sull'affermazione) veicolata dal congiuntivo in questa frase è, invece, impercettibile. Per un approfondimento sulla questione, la rimando a questa risposta data alla domanda di un altro utente: http://bit.ly/2tb2gw9.
Fabio Ruggiano