La proposizione interrogativa indiretta ("come lo facessi") retta da un verbo di percezione affermativo (vedere) è costruita normalmente con l'indicativo. La costruzione più comune della sua frase, pertanto, è "volevo vedere come lo facevi". 
C'è da dire, però, che la variante con il congiuntivo non è scorretta, bensì insolita: è resa accettabile dalla sfumatura volitiva del verbo reggente; può, dunque, usarla, soprattutto in un contesto scritto e di alta formalità. È bene sottolineare che quando si usa il congiuntivo imperfetto il soggetto di seconda persona va esplicitato, visto che la prima e la seconda persona del verbo coincidono, quindi: "volevo vedere come tu lo facessi". Il senso di questa frase in particolare rende altamente improbabile che il soggetto di facessi possa essere io, ma casi di possibile fraintendimento sono possibili, quindi è sempre bene seguire questa regola.
In mancanza della sfumatura volitiva, la frase sarebbe stata scorretta: *"Vedevo come tu lo facessi". Al contrario, se il verbo reggente fosse negativo, il congiuntivo sarebbe la scelta migliore: "non volevo vedere come tu lo facessi" (e anche "non vedevo come tu lo facessi").
Per quanto riguarda il tempo, l'imperfetto, indicativo o congiuntivo, indica la contemporaneità nel passato; instaura, cioè, un rapporto di contemporaneità con il verbo reggente (in questo caso volevo). Se, invece, l'intento è di instaurare un rapporto di posteriorità rispetto al passato, la scelta più corretta è il condizionale passato: "volevo vedere come lo avresti fatto".
Fabio Ruggiano