Entrambe le versioni sono corrette, ma si differenziano perché quella con il congiuntivo aggiunge una sfumatura di significato: nella proposizione relativa, infatti, l'indicativo presenta l'azione o l'evento come un dato di fatto, senza suggerire alcuna valutazione soggettiva dell'emittente; il congiuntivo, invece, attribuisce all'azione una sfumatura di eventualità (che deriva da una valutazione dell'emittente), interpretabile in vari modi. In questo caso "accordi che modifichino" vale "che possano (secondo me) modificare", quindi "tali da poter modificare"; la proposizione relativa, pertanto, si avvicina a una consecutiva.
Fabio Ruggiano