Va distinta la funzione di inciso da quella di parentetica. Una parentetica contiene di solito, come dice lei, un'informazione marginale ("che è la capitale d'Italia"). Per inciso, invece, si intende semplicemente la collocazione dell'informazione tra due pause, o virgole, ma non la sua marginalità. Le virgole che isolano la protasi del periodo ipotetico nell'esempio "Le rendo noto che, se non salderà il suo debito,  passerò a vie legali" sono necessarie (e dunque se le eliminasse commetterebbe un errore!), perché indicano la spezzatura del rapporto assai vincolante tra reggente e completiva (...rendo noto che passerò...) mediante l'intromissione della protasi del periodo ipotetico. La posizione di inciso, cioè la segnalazione di tale intromissione, non implica in alcun modo la minore importanza della protasi. Aggiungo che, qualora non vi fosse stata intromissione, e vi fosse dunque stato soltanto il periodo ipotetico, si sarebbe potuta usare la virgola oppure no ("se non salderà il suo debito[,]  passerò a vie legali") senza alcun cambiamento di significato. La virgola, infatti, in questo caso è un semplice retaggio del passato, quando si soleva separare quasi sistematicamente la premessa dalla conseguenza.
In generale, faccia attenzione a non caricare la punteggiatura di valori logicistici che le sono estranei: la virgola non indica quasi mai una riduzione di importanza (tranne, e non sempre, nel caso delle parentetiche di cui sopra), bensì denota una frattura sintattica (in molti casi), una transizione di piano testuale o informativo (cioè il passaggio da un'informazione all'altra, in molti altri casi), la riproduzione di una piccola pausa o curva intonativa (più raramente e soltanto nei testi mimetici del parlato), la messa in evidenza di un'informazione (e dunque l'esatto contrario di quel che dice lei, cioè conferisce maggiore importanza a qualcosa: "Mario, ho incontrato, non Luca", con focalizzazione di Mario), oppure uno stilema (stile di un certo autore, consuetudine scrittoria ecc.).

Fabio Rossi