Cominciamo col dire che nessuna delle frasi da lei riportate può dirsi del tutto scorretta, perché si tratta di sfumature comunque previste dal nostro sistema verbale.
Nella prima frase, non parlerei di attrazione modale (visto che sempre di modo congiuntivo si tratta), ma al limite di attrazione temporale. Il congiuntivo imperfetto è lievemente preferibile dal momento che le due azioni (essere certa / rispondere) sono, se non proprio contemporanee, trattate come parallele. E dunque, per uniformità: sono certa che mi risponda (al presente) / ero certa che mi rispondesse (al passato). Diciamo dunque che la proiezione nel passato della reggente (cioè in questo caso l'ipotetica) all'imperfetto (fossi certa) fa da traino all'imperfetto della completiva (che lui non mi rispondesse). Ancorché meno adeguato, anche il presente può andare, addirittura all'indicativo (ancora più informale): "se fossi certa che lui non mi risponde". Questo perché la proiezione al passato (fossi) non indica tanto il passato dell'azione bensì l'eventualità del periodo ipotetico.
Nel secondo caso, mi paiono del tutto innaturali, e dunque parimenti da evitare, sia il congiuntivo presente, sia il congiuntivo imperfetto. Va usato l'indicativo: "Bisognerebbe che tu ti fermassi in palestra in un giorno in cui piove", o, ancora meglio (perché più semplice, lineare, chiaro, naturale, non artefatto) "in un giorno di pioggia". Non c'è alcun bisogno di rendere l'eventualità della pioggia, già perfettamente inferibile dal contesto di per sé eventuale (Bisognerebbe ecc.).
Sugli usi del congiuntivo imperfetto rispetto al congiuntivo presente o passato può vedere anche altre risposte di DICO quali i numeri 28001036, 28001031, 2800846.

Fabio Rossi