Entrambe le versioni sono corrette: i participi possono concordare sia con il sintagma nominale che fa da testa del sintagma complesso (il numero | delle preferenze | ottenuto, ovvero il numero ottenuto | delle preferenze), sia con quello che lo determina (il numero | delle preferenze ottenute). Diversamente, il verbo deve concordare con il sintagma che fa da testa, che rappresenta il soggetto della frase, quindi, per esempo:
- Il numero delle preferenze ottenute / ottenuto è stato 1000 (e non sono state 1000). 
Anche per il verbo, comunque, l'accordo con il sintagma che determina è oggi tollerato in molti casi (è un fenomeno noto come accordo a senso) e va evitato soltanto in contesti scritti formali.
Fabio Ruggiano