Come al solito l'uso del congiuntivo/condizionale oppure dell'indicativo nel periodo ipotetico della possibilità e dell'irrealtà non attiene tanto alla correttezza, quanto alla formalità della frase. L'uso del congiuntivo/condizionale è più formale (e dunque sempre suggeribile), mentre quello dell'indicativo è limitato ai discorsi più informali. Nel suo caso, inoltre, si tratterebbe, con l'indicativo nella sola apodosi, di un periodo ipotetico misto, con la soluzione formale (congiuntivo) nella protasi e quella informale (indicativo) nell'apodosi. Tale mistura, ancorché attestata e possibile nei casi più informali, è decisamente da evitare. Pertanto, nel periodo ipotetico dell'irrealtà da lei proposto, è da preferire senza dubbio alcuno la soluzione seguente:
"Tutti gli abitanti avevano paura che se non lo avessero pagato subito si sarebbe arrabbiato e avrebbe distrutto tutto".
Aggiungo che, essendo il soggetto riferito a qualcuno che nella proposizione è un complemento oggetto (lo), sarebbe meglio non lasciare sottinteso il soggetto, ma esprimerlo esplicitamente o con un pronome (lui) o con una forma piena (l'uomo ecc.).

Fabio Rossi