L'idea che il congiuntivo sia il modo dell'incertezza deriva dal fatto che questo modo è usato nella proposizione condizionale, quella introdotta da se. Dobbiamo, però, ricordare che tale proposizione ammette anche l'indicativo ("se vuoi possiamo andare al cinema") e che anche altre proposizioni subordinate ammettono l'alternanza tra indicativo e congiuntivo, senza una apprezzabile differenza di significato. Un esempio di come l'uso di uno o dell'altro modo non produca differenze di senso è la oggettiva retta da un verbo che indica certezza, come nella sua seconda frase. Una frase come sono sicuro che Marca sia a casa è corretta e dimostra che il congiuntivo non indichi affatto incertezza. Di converso, una frase, ugualmente corretta, come non so se Marco è a casa dimostra che l'indicativo può ben figurare in una proposizione dipendente da un verbo che esprime incertezza. Anche nella sua prima frase, quindi, abbia studiate può essere sostituito da ha studiate (che, però, non è presente, come lo definisce lei, ma passato prossimo).
Qual è la differenza tra l'indicativo e il congiuntivo, allora? Il grado di formalità: ogni volta che sia possibile usare l'uno o l'altro modo, il congiuntivo rappresenta la scelta più formale, l'indicativo quella più veloce e distratta. Accanto a questa considerazione di massima, inoltre, bisogna ricordare che alcuni verbi rifiutano il congiuntivo nella completiva, come dire, sapere e i verbi di percezione (vederesentire). 
Per saperne di puù dell'alternanza tra indicativo e congiuntivo, può consultare le tante risposte sull'argomento dell'archivio di DICO, usando le parole chiave indicativo e congiuntivo.
Fabio Ruggiano