Su questo problema del congiuntivo/indicativo in dipendenza da credo, e anche sull'esempio specifico, può leggere un libro che dirime la questione in modo chiaro: S. C. Sgroi, Dove va il congiuntivo? Ovvero il congiuntivo da nove punti di vista, Torino, Utet, 2013. In breve: l'indicativo può sempre sostituirsi al congiuntivo, in italiano. La differenza non risiede nel valore di dubitatività del congiuntivo, rispetto a quello di certezza dell'indicativo, bensì nel maggior grado di formalità del congiuntivo rispetto all'jndicativo.
Quindi credo che Dio esiste/a sono entrambe frasi corrette e non hanno nulla a che vedere con l'ipotesi o la certezza. Nel senso che il verbo credere può valere tanto 'essere sicuri', quanto 'ipotizzare' indipendentemente dal modo verbale che segue, ma solo in base al contesto.

Fabio Rossi