Innanzitutto bisogna ricordare che il trapassato si può usare anche se non c'è nella frase un altro tempo passato, perché quest'ultimo può essere sottinteso. Una frase come "Sono convinta che lei fosse uscita", per esempio, sarebbe del tutto corretta. 
Fatta questa premessa, la risposta alla sua domanda è sì: il trapassato può essere sostituito con il passato senza provocare un errore sintattico. Il significato della frase in alcuni casi rimane sostanzialmente uguale con entrambi i tempi, in altri cambia. Nella sua frase 1, fosse uscita chiarisce che l'evento precede un altro evento passato, identificabile con arrivassesia uscita, dal canto suo, pone l'evento genericamente nel passato, non esplicitamente in un momento del passato che precede un altro evento. La proposizione temporale introdotta da prima che, però, è sufficiente a recuperare questa informazione: in questo caso, quindi, le due frasi hanno lo stesso significato, per quanto quella con il trapassato sia più precisa.
Nella sua frase 2 la situazione è completamente diversa: qui il rapporto nel passato è tra avesse / abbia sbagliato e chiese. Se volessimo sottolineare il rapporto temporale tra i due eventi dovremmo rappresentare il tacere, quindi lo sbagliare a tacere, non come precedente, ma come successivo al chiedere, quindi scriveremmo "Penso che lei avrebbe sbagliato a tacere, quando lui le chiese di parlare". Possiamo, però, rappresentare i due eventi come contemporanei, collegati da un rapporto non temporale, ma consequenziale (e solo implicitamente anche temporale): per far questo useremo il passato: abbia sbagliato. In entrambi i casi il trapassato non è un'opzione corretta.
Nella frase 3 la scelta del tempo del verbo della reggente dipende da quale sia il momento di riferimento. Se esso è il momento dell'uscire allora l'evento del salutare può essere rappresentato come semplicemente passato, ma ovviamente precedente all'evento dell'uscire per via della congiunzione prima di, oppure come esplicitamente precedente a quello dell'uscire. La differenza sta nel grado di precisione. Se, però, viene introdotto un diverso momento di riferimento passato, ha salutato diviene impossibile (o almeno molto trascurato); per esempio: "Mi dissero che aveva salutato (non ha salutato) prima di uscire".
Fabio Ruggiano