Nella sua frase il passato si sia messo non verrà mai interpretato come precedente all'evento futuro, ma sarà sempre inteso come precedente al momento dell'enunciazione, cioè al presente. La restrizione dell'interpretazione dipende dalla presenza di un verbo principale al presente; se questo mancasse la sfumatura da lei intesa sarebbe possibile (ma rimarrebbe ambigua):

"domani il professore telefonerà al preside, a meno che quest'ultimo non si sia messo (prima di adesso o prima di domani?) in contatto con lui prima". 

Il trapassato, invece, non è giustificabile in nessuna delle due varianti della frase, perché non è nominato nessun evento passato rispetto al quale l'evento del mettersi in contatto sia anteriore.
Fabio Ruggiano